Un salarié revient d’un long arrêt maladie avec une prescription de temps partiel thérapeutique sous le bras. Lundi matin, il est devant vous. Que devez-vous faire, et que pouvez-vous refuser ?
Le mi-temps thérapeutique (son nom officiel est « temps partiel pour motif thérapeutique ») se décide en grande partie entre le médecin traitant et la CPAM. Mais c’est vous qui organisez le travail, payez les heures effectuées et répondez juridiquement de la santé du salarié.
Ce guide se place du côté de l’entreprise. Si vous êtes salarié, notre page sur les avantages et inconvénients du mi-temps thérapeutique pour le salarié répondra mieux à vos questions.

Ce que dit le droit, en quelques lignes
Le temps partiel thérapeutique est encadré par l’article L323-3 du Code de la sécurité sociale. Le médecin traitant le prescrit lorsque la reprise du travail et le travail effectué sont de nature à améliorer l’état de santé, ou lorsque le salarié doit suivre une rééducation compatible avec une activité réduite.
Depuis le 1er janvier 2019, il n’est plus nécessaire qu’un arrêt de travail à temps complet le précède immédiatement. Un salarié peut donc en bénéficier sans sortir d’un arrêt.
La CPAM, via son médecin conseil, valide le versement des indemnités journalières. Le médecin du travail, lui, vérifie que le poste aménagé est compatible avec l’état de santé. Trois acteurs, donc, et l’employeur au milieu pour rendre tout cela concret.
Pour les règles générales du dispositif (conditions, démarches du salarié, durée), consultez notre fiche complète sur le mi-temps thérapeutique.
Vos obligations quand la demande arrive
Organiser la visite de reprise
Après un arrêt d’au moins 60 jours pour maladie ou accident non professionnel, ou d’au moins 30 jours pour accident du travail, la visite de reprise auprès du médecin du travail est obligatoire. C’est à vous de la demander, dès que vous connaissez la date de fin d’arrêt.
Mon conseil : même si le seuil n’est pas atteint, sollicitez un avis du médecin du travail. Son regard sur les horaires et les tâches compatibles vous protège en cas de rechute.
Étudier sérieusement l’aménagement
Le Code du travail ne vous impose pas d’accepter toute demande de reprise à temps partiel. Mais le médecin du travail peut proposer des mesures d’aménagement du poste ou du temps de travail (article L4624-3). Si vous ne pouvez pas les suivre, vous devez lui faire connaître par écrit les motifs de votre refus (article L4624-6).
Et ce refus doit tenir la route. Une impossibilité réelle d’organiser le service, oui. Un simple inconfort, non.

Formaliser par un avenant
La réduction du temps de travail modifie le contrat. Un avenant écrit est la meilleure solution : nouvelle durée hebdomadaire, répartition des jours et des heures, date de début, durée envisagée et modalités de retour au temps plein.
Ce document n’est pas un contrat à temps partiel classique : il est temporaire et lié à la prescription médicale. Gardez-le distinct dans le dossier du salarié.
Salaire, indemnités et paie : qui verse quoi
Le principe est simple. Vous payez les heures travaillées. La CPAM verse des indemnités journalières pour compenser une partie de la perte de revenu.
| Élément | Qui le prend en charge | Point d’attention |
|---|---|---|
| Salaire des heures travaillées | Employeur | Calculé au prorata du nouvel horaire |
| Indemnités journalières | CPAM | Versées après accord du médecin conseil |
| Complément éventuel | Prévoyance ou convention collective | Vérifiez vos accords et contrats |
| Données de salaire | Employeur, via la DSN | Signalez la reprise à temps partiel sans tarder |
Pour que la caisse calcule les indemnités, elle s’appuie sur les informations de salaire que vous transmettez. Notre article sur l’attestation de salaire détaille ce circuit, qui passe aujourd’hui par la déclaration sociale nominative.
Si vous pratiquez la subrogation, c’est vous qui percevez les indemnités et les reversez au salarié avec la paie. Pratique pour lui, mais cela demande un suivi rigoureux des montants reçus.

Gérer le poste et l’équipe au quotidien
Un salarié présent à mi-temps, c’est une charge de travail à répartir. Les difficultés viennent rarement du droit. Elles viennent de l’organisation.
- Redéfinissez les tâches réalisables sur le temps présent, plutôt que de compresser le travail d’un temps plein.
- Informez l’équipe de l’aménagement, sans jamais révéler la raison médicale (elle relève du secret).
- Prévoyez un point régulier avec le salarié pour ajuster si besoin.
- Anticipez la fin du dispositif : retour à temps plein, prolongation ou nouvel avis médical.
Franchement, les entreprises qui réussissent ces reprises sont celles qui en parlent tôt avec le médecin du travail. Celles qui improvisent finissent souvent devant un nouvel arrêt.
Les risques juridiques à ne pas sous-estimer
Le salarié en temps partiel thérapeutique conserve tous ses droits. Toute décision prise en raison de son état de santé (sanction, mise à l’écart, refus de promotion) peut être qualifiée de discrimination au sens de l’article L1132-1 du Code du travail.
Votre obligation de sécurité joue aussi. Si vous imposez des horaires ou des tâches contraires aux préconisations médicales et que l’état du salarié s’aggrave, votre responsabilité peut être recherchée.
Enfin, si la reprise échoue et que le poste n’est plus compatible avec la santé du salarié, seul le médecin du travail peut constater une inaptitude. La procédure de licenciement pour inaptitude obéit alors à des règles strictes, avec une obligation de recherche de reclassement.
En cas de doute sur un refus ou une rupture, l’avis d’un avocat en droit social avant d’agir coûte moins cher qu’un contentieux prud’homal.

Questions fréquentes sur le mi-temps thérapeutique côté employeur
L’employeur peut-il refuser un mi-temps thérapeutique ?
Il n’est pas tenu de l’accepter automatiquement. Mais un refus doit reposer sur une raison objective liée à l’organisation ou au poste, et si le médecin du travail a préconisé cet aménagement, l’employeur doit lui expliquer par écrit pourquoi il ne peut pas le suivre. Un refus lié à l’état de santé lui-même serait discriminatoire.
Qui paie le salarié pendant un mi-temps thérapeutique ?
L’employeur verse le salaire correspondant aux heures réellement travaillées. La CPAM complète par des indemnités journalières, et la prévoyance de l’entreprise peut ajouter un complément si le contrat le prévoit.
Faut-il signer un avenant au contrat de travail ?
C’est vivement conseillé. L’avenant fixe la nouvelle durée du travail, la répartition des heures, la date de début et la durée prévue. Il évite les malentendus et sert de preuve en cas de litige.
Le salarié en mi-temps thérapeutique peut-il être licencié ?
Il reste soumis aux règles ordinaires du licenciement, mais son état de santé ne peut jamais être le motif. Si son poste devient incompatible avec sa santé, c’est au médecin du travail de se prononcer, éventuellement par un avis d’inaptitude.







